Setelah usia Pesantren Al Manar 5 tahun dan banyak nya permintaan orangtua tamatan MTs Pesantren Al Manar yang anaknya ingin melanjutkan ke jenjang SMA. Maka, pada tahun 2004 yayasan berfikir untuk mengembakan Lembaga Pendidikan baru dengan misi yang berbeda dengan Pesantren. Pada tahun 2004 dibukalah SMA Unggulan Al Manar dengan kepala sekolah pertama Drs. H. Mukhlis Lubis, M.A. (pensiunan Kepala Kepegaiwaian Kanwil Dinas Pendidikan Sumatra Utara) dengan dibantu oleh Cut Athiah Thaib, S.H. alumni pertama SMA Unggulan Al Manar sangat membanggakan, karena banyak alumninya yang berhasil masuk ke Universitas Negeri baik di Sumatra Utara maupun Nanggroe Aceh Darussalam.

Pada tahun 2009, SMA Unggulan Al Manar dipimpin oleh Cut Athiah Thaib, S.H. perkembangan SMA terbukti dengan banyaknya alumni yang mendapat panggilan untuk kuliah di Universitas Negeri baik di Sumatra maupun di Jawa. Target Yayasan tidak hanya SMA Al Manar berkembang akan tetapi harus menjadi SMA yang kuat dan diperhitungkan. Usia SMA Unggulan Al Manar saat ini 20 tahun, dan semua pihak yang terlibat dalam pengelolaan SMA harus merapatkan barisan untuk menjadikan SMA sebagai Lembaga Pendidikan yang berorientasi kepada saintis yang Islami.